西域自汉朝纳入中原王朝的版图伊始，各个王朝就不断探索对西域如何实行有效管理。到了清朝的时候，清朝在西域的版图实现了对前朝的超越，建立了伊犁九城，兼具政治、军事和经济功能，将清朝的统治和国家意志有效地传递到西部边陲。
清朝在乾隆二十七年，即1762年正式任命伊犁将军，伊犁将军不单单指一个统领地方事务的人，还代指整个代表清朝管理新疆事务的组织机构。首任伊犁将军明瑞（乾隆孝贤纯皇后的侄儿、满洲镶黄旗人、承恩公富文之子）到任后，奉旨于1762年至1780年，用时18年，修建了以惠远城为中心的九个城池，其余八个城分别为塔勒奇、绥定、宁远、惠宁、熙春、广仁、瞻德、拱宸。伊犁河对岸还驻扎着从盛京西迁过来的锡伯营八旗，这些军事重镇位于陆地丝绸之路的北线，带动了当地人口的繁衍、社会经济的发展，后来又形成西域商业来往的主要城镇。
当时清朝在全国共设立了14个将军，全部由皇亲贵族或蒙古族重臣担任，官阶一品，级别与总督相当，高于各省巡抚。
九座城中，惠远、惠宁两城驻防满洲八旗官兵，宁远城驻扎回子（回子是清代对维吾尔族的称呼）屯民，其余六城驻扎着以汉兵为主的绿营官兵。“伊犁九城”的建成，重点解决了伊犁将军等官署和满洲旗营的驻地，解决了屯田兵民的驻地，完成了清朝治理和巩固边防的重要战略部署，使伊犁成为新疆的政治、军事、经济和文化中心。
在250多年的历史中，惠远古城几经兴废，如今只存几段斑驳的城墙。由于战乱，许多城内建筑物早已荡然无存，城垣也逐年被伊犁河水侵蚀，今尚存北、东面部分城墙和老东门土墙墩。当时惠远城的城垣高4.2米，周长4.5公里。1793年，惠远城再度扩建，周长延伸到5公里有余，为当时新疆第一大城。城内建筑整齐，纵横四条大街直通四大城门。东门景仁、西门说泽、南门宣阔、北门来安。每条街上都有小巷，共48条。城中心建有高大巍峨的钟鼓楼，以镇四方。登楼远眺，四条大街通向东西南北城门大道，全城风光尽收眼底。城内外寺庙林立，大街小巷商铺林立，市肆极为繁华，有“小北京”之称。以惠远城为中心的伊犁九城，对伊犁河谷地区和天山南北周围形成了有效辐射，达到了军事威慑的作用。
经过两次鸦片战争和一系列不平等条约的签订，伊犁九城从西域的中心变成了西域的边陲。沙俄侵占，伊犁九城被毁，伊犁河谷被东西斩断。随后新疆的中心搬往迪化（今乌鲁木齐）。今天在宁远城基础上发展而来的伊宁市是伊犁哈萨克自治州首府和新疆建设兵团四师师部所在地，是今天伊犁河谷东段（中国境内）的中心。
2015年，当地政府开始将惠远古城保护和利用纳入政府工作日程，出台了相关纲要和复建方案。古时伊犁将军府治下的伊犁九城统领天山南北和伊犁河谷的历史图景已经一去不复返，人们热切期盼的复建建筑只是一个精神上的地标而已。
