公元7世纪佛教进入西藏，与当地原始宗教——苯教长期斗争融合，逐渐形成了藏传佛教。
公元8世纪天竺僧人寂护、莲花生入藏，分别传播显、密两系佛教，为教派传承播下了种子；9世纪，赞普朗达玛施行禁佛；至10世纪后期，在吐蕃新兴地方领主阶级的扶植下，佛教开始复兴。并在11世纪中叶后，根据各自特有的教理和修持方法相继出现了宁玛、噶当、萨迦、噶举、格鲁、希解、觉宇、觉囊、郭扎、夏鲁等十数个教派。此后，一些小教派先后融于其他教派或被迫改宗其他教派，慢慢消失于历史长河之中。其中影响较大的共有五个教派：
宁玛派 形成于公元11世纪，是藏传佛教形成最早的教派，以密宗修习为主。因该派宣扬尊崇先弘时期的法统，重视灭佛期前佛教徒所藏匿的经典，所以称为“宁玛”（藏语意为古、旧)派。僧人戴红色僧帽，所以又被俗称为红教。宁玛派开创人是素·释迦炯乃，建有郭巴隆寺。康区宁玛派代表寺院为嘎托寺和白玉寺。
噶当派 创建于11世纪中期，爽基人为显宗大师阿底峡，主寺热振寺。主导思想是用“佛的教询来指导凡人接受佛理（藏语中“噶”指佛语，“当”指教授）。曾经对藏传佛教各教派产生深远影响。格鲁派就是直接在噶当派的基础上建立起来的。原噶当派僧人和寺院相继改宗格鲁派后，该教派逐渐消失。
萨迦派 创始人昆·贡却杰布于1073年在后藏萨迦地区建寺传教，史称萨迦派。又因寺院墙壁涂有鲜艳的红、白、灰三色颜色条纹（代表观音、文殊、金刚手菩萨）。故俗称“花教”。该派以修习“新密咒”为特点。萨迦五祖八思巴被元朝皇帝册封为“国师”、“帝师”，“大宝法王”.因而在元朝的藏传佛教中占有统治地位。康定的塔公寺和玉树的结古寺是康区的萨迦派代表寺院。值得一提的还有，萨迦派于公元1550年在四川德格更庆寺设立了藏区极其著名的德格印经院。
嘻举派 创始于11世纪，重视密宗学习，以口耳相传的密法修行为特色。故名噶举（举在藏语中有口传之意）。因该教派创始人玛尔巴和米拉日巴在修法时都穿白色僧服，故也有白教之称。该派的另一个特点是支系众多，分布最广，常常控有地方势力。昌都类乌齐的查杰玛大殿是噶举派的主寺之一，另外贡嘎寺也是著名的噶举派寺庙。
格鲁派 公元1409年藏历正月，宗教改革家宗喀巴在拉萨大昭寺发起祈愿大法会，会后建起甘丹寺，以严守戒律为主导思想的“格鲁派”（格鲁藏语意为善律）诞生了。这虽然是五大教派中创立最晚的一个，却因严谨守律而改善了僧众留给信徒的不良印象。得以迅速取代其他教派的地位，成为后藏传佛教期的惟一主教。宗喀巴及其弟子穿戴黄色僧帽。于是有了广为人知的“黄教”一称，达赖、班禅两个最大的活佛转世系统都是格鲁派的。
格鲁派有哲蚌寺、色拉寺、扎什伦布寺、塔尔寺、拉卜楞寺，甘丹寺等六大寺院，康区比较有名的格鲁派寺院则为长青春科尔寺（即理塘寺）和石渠的色须寺。
